听到这个消息后，大夫孔融出来劝谏道：“刘备和刘表都是汉室的宗亲，不能轻易去讨伐，孙权占据了六郡，又有长江作为天险，也很困难，如今丞相兴起这样没有意义的兵马，恐怕天下人都会失望啊。”

曹操听后十分生气，怒道：“刘备、刘表、孙权都是一些逆贼，朝廷能够容忍他们在地方称王吗？”说完将孔融斥退，并下令道：“再又来劝谏的人，就直接斩首！”

孔融走出了曹操的府邸，仰天长叹道：“用不仁义的兵马讨伐仁义之师，哪里有不失败的道理！”

这句感叹被御史大夫郗虑家客听到，进行了告密，郗虑和孔融有些过节，因为他经常被孔融怠慢，早已经怀恨在心，于是就去找曹操汇报了这件事情，并添油加醋的道：“孔融平时就十分傲慢，又和祢衡这种人关系很好，先前祢衡说孔融是孔子的化身，孔融说祢衡是颜回的化身，而且先前祢衡来羞辱丞相，那都是孔融在背后教唆的。”

曹操听后大怒，让廷尉将孔融捕捉。

孔融有两个儿子，年纪都比较小，正在家中下棋，忽然有人来汇报道：“主人吧被廷尉带走了，将要斩首了！两位公子怎么还不找地方躲起来呢？”

二人回道：“在一个破巢下面，怎么会有完整的卵呢？”话还没有说完，廷尉又来了，将孔融的两个儿子也带走了，一起斩首，并将孔融的尸体在放在市集上面。

京兆脂习趴在尸体上面大哭起来，曹操听说后，十分生气，准备派人也一并斩首。

荀彧出来劝谏道：“我听说脂习经常劝谏孔融，说他性格太过刚直，会有祸患，现在孔融死了，他来大哭，说明了他是一个讲情义的人，不能杀啊！”

曹操便放弃了继续杀人的打算，将孔融父子的尸首找地方安葬了。

孔融死后，曹操就传令五队兵马按照顺序开始出击，只留下了荀彧等人守卫许昌。

在荆州，刘表的病情恶化，将不久与人生，他派人去找刘备来托孤。