各地督抚往往为顾全平叛大局，不敢过分处置，每遇土司兵鼓噪，就使金帛宽慰，驱使土司兵效命。

至于入川官军，从白杆军至地方卫所军，战斗力参差不齐，装备军械新旧不一，诸将领也养寇自利，争相内斗。

如都司许成名等，为自身看法所束缚，进退不能遵行令，以致贻误战机，使奢氏之乱迟迟未定。

朱由校平定四川，御驾班师以后，改变了西南各省对土司的地方政策，朱燮元也因战功升任四川巡抚。

当时，朱燮元认为朝廷大军撤离后，四川实际上已无贼寇，便将目光着眼于教化土司，安定土民。

其实天启元年奢氏永宁卫的收复，使大明拓地千里，将原本只有名义上统治的永宁卫一带，重新置于天启朝廷的有力统治之下。

朱燮元就任四川巡抚后，也发挥了卓越的军事、政治才能，一改前任徐可求对土司的敌视态度。

原奢氏土司最富庶的土地，纳入朝廷永宁卫下辖，为官军直驻，其余土地则被他分设四十八屯，赐给土司军队中的平叛有功者。

四川当地，除奢氏外还有几家大土司。

朱燮元趁平叛余威仍在，将这几家大土司的土地分割开来，用战功封赏的由头分赐给一些有功的小土司将领，命他们每月向官府进献岁赋，称为“屯将”。

屯将的选派，往往要真正在平叛中为朝廷用命效力者，屯将们及其麾下军队也都直接隶属于地方州府。

朱燮元提出的四川屯将制度，实际上可以将那些土司军将领，逐渐转化为朝廷的直属将领，有力分割四川诸土司的力量。

前不久，朱燮元又向朝廷上疏，建议移叙州兵备道治所于永宁卫城，与贵州参将共同驻守。

朱由校仔细考虑后，准奏施行。

将近二载的时间，朱燮元已将四川境内的几家大土司分割为若干小土司，又将土地肥沃之处赐给忠于朝廷的小土司，设为屯将。

不安分的地方土司被逐渐“改土归流”，边缘、弱化，忠于朝廷的屯将们则成为土司军的主力军，因而彻底消除了四川地方土司的威胁。